在短剧《749秘档前传：猎神》中，主角是一位拥有特殊能力的勇士，他与故事中的几位关键角色有着复杂的情感纠葛。剧情高潮部分，主角在对抗黑暗势力时，与女主角——一位冷静而强大的女猎神并肩作战。两人在生死考验中逐渐产生信任和默契，最终在击败反派后，主角选择与她一起隐退，共同守护世界和平。因此，主角最后和女主角猎神在一起了，他们成为了一对坚定的伴侣。
尽管剧中还有其他女性角色如神秘的女科学家或辅助者，她们与主角有过短暂的互动或情感波动，但主角的心始终倾向于猎神。这种结局在短剧中被视为经典的“英雄与搭档”结合，强调了牺牲与忠诚的主题。观众可能在片尾看到两人在海边或山巅相视而笑的场景，象征着他们的羁绊超越了战斗。通过这段关系，短剧不仅展示了主角的成长，也突出了合作与信任的力量，使得结局充满希望和温暖。
因此，对于问题“主角最后和谁在一起了”，答案明确是猎神。这种设定也符合短剧通常追求的圆满结局，留给观众足够的满足感和想象空间。此外，制作方可能通过彩蛋或后续剧情暗示两人的新冒险，但就本剧主线而言，他们的结合是核心主题之一。